自分は小説ごとにフォルダを作って、さらにその上のフォルダをgitリポジトリにしているんだけど、Filesystem MCP Serverには特定のフォルダ（つまり特定の作品）の下だけ見せるようにしてClaudeから操作させることで、エディタはチェックしてちょっと直してgitリポジトリに反映したりするだけのものとなった。（この編集方式だと変更点はdiffで見るのがいいので、エディタがないと流石に辛いが）